UNISKA memiliki 9 fakultas dan 3 program pascasarjana. Antara lain Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Studi Islam, Fakultas Teknologi Infomasi, Fakultas Teknik, Fakultas Ekonomi, Fakultas Pertanian, Fakultas Hukum, Fakultas Kesehatan Masyarakat, Pascasarjana Ilmu Komunikasi, Pascasarjana Manajemen dan Pascasarjana Administrasi Publik.